Harry, con una magia, fa accidentalmente gonfiare il corpo di Marge, la sorella di zio Vernon, che lo aveva ripetutamente umiliato fino a fargli perdere il controllo sui suoi poteri. Il ragazzo è costretto a scappare dalla casa dei Dursley, e sulla strada si imbatte nel Nottetempo, un autobus magico che lo conduce fino a Londra. Sull’autobus, il ragazzo sente la notizia del giorno: Sirius Black, un pericoloso criminale, è evaso da Azkaban, la prigione dei maghi. Harry scende al Paiolo Magico, un locale per soli maghi, dove trova il Ministro della Magia Cornelius Caramell ad attenderlo. Il Ministro non lo rimprovera per quello che è successo alla zia, anzi sembra sollevato di averlo trovato e lo prega di restare al Paiolo Magico fin quando non rientrerĂ a scuola. Pochi giorni prima del ritorno ad Hogwarts, arrivano al Paiolo Ron, con tutta la famiglia, ed Hermione. Ascoltando di nascosto una conversazione tra i Weasley, Harry scopre che il criminale evaso da Azkaban gli sta dando la caccia. Durante il viaggio per Hogwarts, il treno viene fermato da una creatura oscura avvolta in un lungo mantello nero, al cui passaggio tutto sembra diventare freddo e desolante. A causa di queste sensazioni Harry perde conoscenza. Al suo risveglio, il professor Remus Lupin, il nuovo insegnante di Difesa contro le Arti Oscure, gli spiega che la creatura era uno dei Dissennatori, le guardie della prigione di Azkaban, mandate dal Ministero della Magia a cercare Black. A scuola sono previste nuove materie, tra cui Divinazione, materia trattata dalla professoressa Sibilla Cooman, e Cura delle Creature Magiche, insegnata da Rubeus Hagrid. Al terzo anno agli studenti sono concesse alcune gite ad Hogsmeade, un villaggio di maghi poco lontano da Hogwarts, alle quali Harry non può partecipare essendo sprovvisto del permesso di un tutore. Nel corso della prima lezione di Cura delle creature magiche, Hagrid mostra agli alunni un ippogrifo di nome Fierobecco, che ferisce alla spalla Draco Malfoy, che lo aveva provocato. A causa di questo episodio, Fierobecco viene accusato di essere pericoloso, e condannato a morte dal Ministero della Magia. Il giorno della visita ad Hogsmeade, Harry riceve in dono dai gemelli Weasley la Mappa del Malandrino, sulla quale può osservare i movimenti di tutte le persone all’interno di Hogwarts, e vedere i passaggi segreti del castello, uno dei quali lo porterĂ ad Hogsmeade. Qui, origliando una conversazione tra gli insegnanti e il Ministro della Magia, scopre che Black era l’unico custode dell’Incanto Fidelius, l’incantesimo di protezione che rendeva invisibile ed irraggiungibile la casa dei Potter per Lord Voldemort. Sirius tradì i suoi amici rivelando ai Mangiamorte l’ubicazione della casa. Harry viene a sapere che Black ha ucciso tredici persone, tra cui Peter Minus, un amico dei Potter, di cui venne trovato solo un dito e per questo fu catturato e rinchiuso ad Azkaban. Harry scopre inoltre che Black è il suo padrino. Qualche giorno dopo Ron non trova piĂą il suo topo Crosta e incolpa il gatto di Hermione, Grattastinchi, di averlo mangiato. Il giorno dell’esecuzione di Fierobecco Harry, Ron ed Hermione si recano a casa di Hagrid per confortarlo. Hagrid ha ritrovato Crosta e lo consegna a Ron, subito dopo giunge Silente accompagnato dal boia e dal Ministro della Magia, perciò i tre ragazzi vanno via senza farsi notare. Poco dopo Crosta fugge nuovamente, e nello stesso momento appare un grosso cane nero che i ragazzi associano al Gramo, considerato come un presagio di morte nel mondo dei maghi. Il cane trascina Ron attraverso un passaggio sotto il Platano Picchiatore. Harry ed Hermione seguono il passaggio che arriva fino alla Stamberga Strillante di Hogsmeade. I tre amici scoprono che in realtĂ il Gramo è Sirius Black sotto forma di animagus. Nello stesso momento giunge il professor Lupin che si schiera dalla parte di Sirius. Mentre i due stano per svelare i loro piani irrompe nella stanza Piton, che disarma Black per riportarlo al castello e consegnarlo ai Dissennatori. Piton tuttavia viene “schiantato” da Harry, che vuole ascoltare le ragioni di Lupin e Sirius. Harry scoprirĂ così che Sirius Black, Remus Lupin James Potter e Peter Minus erano amici ai tempi della scuola e avevano fondato un gruppo illegale e non dichiarato di Animagi per proteggere la vera identitĂ di Lupin che in realtà è un lupo mannaro, essere malvisto nella comunitĂ magica. Sirius rivela che Crosta, il topo di Ron, è in realtĂ Peter Minus vissuto per tredici anni con la famiglia Weasley. Si scopre così che Minus era il vero custode dell’Incanto Fidelius e non Sirius come tutti credevano. Sirius e Lupin tentano di uccidere Peter, ma Harry li convince a risparmiargli la vita a patto che venga rinchiuso ad Azkaban. Mentre il gruppo si avvia nuovamente verso Hogwarts spunta la luna piena e Lupin si trasforma in lupo mannaro. Minus ne approfitta per fuggire e Sirius si trasforma a sua volta in cane per cercare di placare Lupin. Avendo perso di vista il lupo mannaro, Sirius ed Harry si trovano da soli in un bosco, dove vengono circondati dai Dissennatori. Proprio all’ultimo momento i dissennatori vengono allontanati da un incantesimo Patronus a forma di cervo, evocato da uno sconosciuto, che Harry crede essere suo padre. Il ragazzo si risveglia il giorno dopo in ospedale e scopre che Sirius, a causa della fuga di Minus non può essere discolpato, ed è stato per questo imprigionato in attesa dei Dissennatori. Quando tutto sembra perduto, Silente suggerisce ad Hermione di usare la sua Giratempo, oggetto che permette di viaggiare indietro nel tempo con il quale Hermione era riuscita a frequentare tutte le lezioni durante l’anno. Attraverso la Giratempo lei ed Harry riescono a liberare Fierobecco e, con il Patronus evocato da Harry, a salvare Sirius dai Dissennatori. Sirius vola via con Fierobecco salutando Harry e ringraziando Hermione per avergli salvato la vita. La fine dell’anno scolastico vede anche le dimissioni del professor Remus Lupin, che è costretto a lasciare Hogwarts per via della sua natura.