Flamel visse a Parigi nel XIV e XV secolo. Condusse due negozi come scrivano e sposò una vedova di nome Perenelle, più vecchia di lui e dotata di buon patrimonio, che morì nel 1397. I due avevano diverse proprietà ed effettuavano cospicue donazioni alla Chiesa, comprese le commissioni di diverse sculture. Una delle abitazioni appartenute a Flamel è ancora esistente, al 51 di rue de Montmorency. È considerata la più antica casa in pietra di Parigi. A Parigi gli è stata dedicata una strada nei pressi del Museo del Louvre, rue Nicolas Flamel, che interseca rue Pernelle, dedicata alla moglie. Nel 1410 Flamel progettò la propria pietra tombale, scolpita con immagini del Cristo, di San Pietro e San Paolo, conservata al Museo Nazionale del Medioevo a Parigi. Tale dettaglio sarà oggetto di numerose interpretazioni successive. In questo periodo, Flamel contribuì anche nel restauro del vecchio Cimitero degli Innocenti di Parigi, per la realizzazione di strutture arcate poste sopra le murate, al fine di contenere le ossa dei cadaveri in eccesso. Il suo testamento, datato 22 novembre 1416, indica una certa agiatezza ma non la straordinaria ricchezza vantata nelle leggende alchemiche posteriori. Del resto, al di là dei testi apocrifi, non ci sono altre testimonianze che il Flamel storico abbia effettivamente esercitato l’alchimia, la medicina o la farmacia.Fu sepolto a Parigi, nel 1418, al Museo di Cluny, verso la fine della navata della vecchia Chiesa di Saint-Jacques-de-la-Boucherie.